Соло-тест Атлас

РУ №РЗН 2021/13662
Набор реагентов предназначен для определения молекулярно-генетических биомаркеров эффективности противоопухолевой терапии методом высокопроизводительного секвенирования на приборе MiSeq

Тест для анализа ключевых онкогенов методом NGS

Набор реагентов предназначен для определения молекулярно-генетических биомаркеров эффективности противоопухолевой терапии методом высокопроизводительного секвенирования на приборе MiSeq

Содержание набора

Таргетная панель предназначена для одновременного выявления клинически значимых вариантов в 15-и генах:

Таргетная панель предназначена для одновременного выявления клинически значимых вариантов в 15-и генах:
Набор анализирует 2, 3 и 4 экзоны гена. Эти регионы покрывают все клинически значимые мутации KRAS, в том числе вариант G13R, который не покрывается ПЦР-тестами.
PDGFRA
KIT
EGFR
BRAF
NRAS
KRAS
TPMT1
UGT1A1
DPYD
PIK3CA
ERBB2 (HER2)
CTNNB1
FOXL2
PTEN
TP53

Клиническое значение

Набор Соло-тест Атлас включает гены, рекомендуемые для анализа пациентам со следующими нозологиями:

Клиническое значение

Набор Соло-тест Атлас
включает гены, рекомендуемые для анализа пациентам со следующими нозологиями:

Данные о частоте встречаемости вариантов приведены в соответствии с данными с BioPortal, актуальными на апрель 2021 г.
Данные о частоте встречаемости вариантов приведены
в соответствии с данными
с BioPortal, актуальными
на апрель 2021 г.
В состав набора также входят фармакогенетические маркеры токсичности химиотерапии:
В состав набора также входят фармакогенетические маркеры токсичности химиотерапии:
В состав набора
также входят фармакогенетические маркеры токсичности химиотерапии:
В состав набора
также входят фармакогенетические маркеры токсичности химиотерапии:
UGT1A1
DPYD
TPMT
Внесен в список фармакогеномных биомаркеров побочных реакций на циспластин (FDA).

Ген TPMT кодирует фермент тиопуринметилтрансферазу, которая катализирует S-метилирование тиопуринов, предотвращая образование активных метаболитов-тиогуаниновых нуклеотидов. Ген TPMT имеет полиморфные аллели, при которых стабильность фермента резко снижается. Примерно у 10% людей активность фермента снижена, а у 0,3% практически отсутствует.
Набор Соло-тест Атлас валидирован для анализа свободно циркулирующей ДНК при немелкоклеточном раке легкого (для жидкостной биопсии)
Набор позволяет детектировать соматические варианты в образцах с минимальной концентрацией ДНК 7 нг/мкл и долей мутантного аллеля 0,1%
Набор
Соло-тест Атлас валидирован
для анализа свободно циркулирующей ДНК
при немелкоклеточном раке легкого
(для жидкостной биопсии)
Набор позволяет детектировать соматические варианты
в образцах с минимальной концентрацией ДНК 7 нг/мкл
и долей мутантного аллеля 0,1%

Для чего это нужно?

1
Позволяет изучить спектр мутаций в опухоли и метастазах, когда гистологический материал недоступен
2
Для ранней диагностики рецидива или мониторинга прогрессирования заболевания
PMID: 30915108
1
Позволяет изучить спектр мутаций в опухоли и метастазах, когда гистологический материал недоступен
2
Для ранней диагностики рецидива или мониторинга прогрессирования заболевания
PMID: 30915108

Преимущества Соло-тест Атлас
Удобно пользоваться

Техническая и биоинформатичес-
кая поддержка
Простой протокол позволяет осуществить пробоподготовку за один день
Возможность одновременного анализа до 96 образцов
Встроенная защита от кросс-контаминации
Возможность одновременного анализа образцов пациентов с разными нозологиями

Медицинское ПО для интерпретации результатов

Техническая и биоинформатическая поддержка

Преимущества Соло-тест Атлас
Удобно пользоваться

Техническая и биоинформати-
ческая поддержка
Простой протокол позволяет осуществить пробоподготовку за один день
Возможность одновременного анализа до 96 образцов
Встроенная защита
от кросс-контаминации
Возможность одновременного анализа образцов пациентов
с разными нозологиями
Медицинское ПО для интерпретации результатов

Максимальная информативность

Высокая чувствительность и специфичность набора гарантируют надежность результата
Анализ разных типов молекулярных нарушений (SNP, indel, CNV)
Возможен анализ циркулирующей ДНК в плазме крови
Дизайн праймеров оптимизирован для работы с деградированной ДНК из парафиновых блоков
15 генов в одной панели
Требует минимальное количество стартового материала (от 10 нг)

Максимальная информатив-
ность

Высокая чувствитель-
ность
и специфич-ность набора гарантируют надежность результата
Анализ разных типов молекулярных нарушений (SNP, indel, CNV)
Возможен анализ циркулирующей ДНК в плазме крови
Дизайн праймеров оптимизирован для работы
с деградирован-ной ДНК
из парафиновых блоков
15 генов в одной панели
Требует минимальное количество стартового материала (от 10 нг)

Набор включает
все реагенты для приготовления таргетных библиотек для секвенирования

Набор включает все реагенты
для приготовле-ния таргетных библиотек
для секвениро-вания

Набор
включает
все реагенты
для
приготовле-ния таргетных библиотек
для секвениро-вания

Как работает тест

Таргетное обогащение
на основе мультиплексной ПЦР

Удаление праймеров
Подготовка к лигированию

Лигирование ЛС адаптеров

Введение олигонуклеотидных индексов

Очистка и пулирование готовых библиотек

Секвенирование на MiSeq

Вторичная амплификация:
введение Олигонуклеотидных индексов

Очистка продуктов амплификации. Пулирование библиотек

Как работает тест

Таргетное обогащение
на основе мультиплексной ПЦР

Удаление праймеров
Подготовка к лигированию

Лигирование ЛС адаптеров

Секвенирование на MiSeq

Вторичная амплификация:
введение Олигонуклеотидных индексов

Очистка продуктов амплификации. Пулирование библиотек

Набор Соло-тест Атлас рассчитана на проведение анализа 48 образцов

Состав набора

Комплект для приготовления библиотек ДНК

Комплект для целевого обогащения ДНК

Набор Соло-тест Атлас рассчитана на проведение анализа
48 образцов

Состав набора

Комплект для приготовления библиотек ДНК

Комплект для целевого обогащения ДНК

Набор
Соло-тест Атлас рассчитана
на проведение анализа
48 образцов

В набор входит

Комплект для приготовления библиотек ДНК

Комплект для целевого обогащения ДНК

4 варианта наборов

Набор Соло-тест Атлас 48-С помимо компонентов для приготовления библиотек включает все компоненты для секвенирования.

Наборы Соло-тест Атлас 48-а и Соло-тест Атлас 48-б отличаются комбинациями индексов. В одном запуске секвенирования на MiSeq при сочетании наборов с разными индексами 48а и 48б может быть объединено до 96 уникальных образцов, включая контроли.
48С-а
48С-б
48-б
48-а

Соло-тест Атлас:

Набор Соло-тест Атлас 48-С помимо компонентов для приготовления библиотек включает все компоненты для секвенирования.

Наборы Соло-тест Атлас 48-а и Соло-тест Атлас 48-б отличаются комбинациями индексов. В одном запуске секвенирования на MiSeq при сочетании наборов с разными индексами 48а и 48б может быть объединено до 96 уникальных образцов, включая контроли.

Технические и диагностические характеристики

Параметры секвенирования

MiSeq Reagent kit v2 300 cycles
в одном запуске можно объединить до 96 образцов
При этом минимальное покрытие для одного образца — 350х

Технические и диагностические характеристики

Параметры секвенирования

MiSeq Reagent kit v2 300 cycles
в одном запуске можно объединить до 96 образцов
При этом минимальное покрытие для одного образца — 350х

Технические и диагностические характеристики

Параметры секвенирования

MiSeq Reagent kit v2 300 cycles в одном запуске можно объединить
до 96 образцов
При этом минимальное покрытие для одного образца — 350х
(при условии, что каждому образцу в запуске соответствует уникальная комбинация индексов)
(при условии, что каждому образцу в запуске соответствует уникальная комбинация индексов)

FAQ

Какое минимальное количество ДНК необходимо для получения библиотек
Минимальное количество ДНК, необходимое для работы с набором, — 18 нг (6 мкл ДНК с концентрацией 2 нг/мкл). Оптимальное количество ДНК для получения библиотек с помощью набора Соло-тест Атлас — 30 нг (6 мкл ДНК с концентрацией не менее 5 нг/мкл).
Какое дополнительное оборудование и расходники потребуются?
В набор включены все реагенты для приготовления библиотек из выделенной ДНК. Дополнительно потребуется только общелабораторные расходники, такие как дистиллированная вода и этиловый спирт. В лаборатории должны быть ПЦР-бокс, термоциклер, магнитный штатив, вортекс, центрифуга, анализатор Qubit и расходники для него. Для проведения секвенирования необходим секвенатор MiSeq.
Как оценить пригодность образца для анализа?
Набор можно использовать для анализа ДНК из свежих биопсий или парафиновых блоков (FFPE).

  • Свежая или замороженная ткань хранится до выделения ДНК не более 2 часов
  • Фиксированные образцы ткани обрабатывались нейтральным забуференным формалином. Не допускать избыточной фиксации — это может вызвать деградацию ДНК и появление артефактов последовательности!
  • Для анализа соматических мутаций важно чтобы содержание опухолевых клеток было не менее 30%.
Какое рекомендовано покрытие для секвенирования и сколько образцов можно уместить в один запуск MiSeq?
Для анализа соматических мутаций рекомендовано анализировать до 96 библиотек. Ожидаемое покрытие при этом составит >600x
Проводите ли вы обучение работе с набором?
Да. При заказе первого набора наши специалисты проведут обучение работе с протоколом в вашей лаборатории. Кроме того, вы всегда можете обратиться к нам с любыми вопросами по работе набора.
Как обрабатывать результаты?
Для обработки данных можно использовать стандартное программное обеспечение предназначенное для MiSeq, а для интерпретации результатов можно использовать ПО Соло-репорт (РУ 2019/8907). Свяжитесь с нами, чтобы получить помощь в биоинформатическом анализе.
Какое минимальное количество ДНК необходимо для получения библиотек
Минимальное количество ДНК, необходимое для работы с набором, — 18 нг (6 мкл ДНК с концентрацией 2 нг/мкл). Оптимальное количество ДНК для получения библиотек с помощью набора Соло-тест Атлас — 30 нг (6 мкл ДНК с концентрацией не менее 5 нг/мкл).
Какое дополнительное оборудование и расходники потребуются?
В набор включены все реагенты для приготовления библиотек из выделенной ДНК. Дополнительно потребуется только общелабораторные расходники, такие как дистиллированная вода и этиловый спирт. В лаборатории должны быть ПЦР-бокс, термоциклер, магнитный штатив, вортекс, центрифуга, анализатор Qubit и расходники для него. Для проведения секвенирования необходим секвенатор MiSeq.
Как оценить пригодность образца для анализа?
Набор можно использовать для анализа ДНК из свежих биопсий или парафиновых блоков (FFPE).
  • Свежая или замороженная ткань хранится до выделения ДНК не более 2 часов
  • Фиксированные образцы ткани обрабатывались нейтральным забуференным формалином. Не допускать избыточной фиксации — это может вызвать деградацию ДНК и появление артефактов последовательности!
  • Для анализа соматических мутаций важно чтобы содержание опухолевых клеток было не менее 30%.
Какое рекомендовано покрытие для секвенирования и сколько образцов можно уместить в один запуск MiSeq?
Для анализа соматических мутаций рекомендовано анализировать до 96 библиотек. Ожидаемое покрытие при этом составит >600x
Проводите ли вы обучение работе с набором?
Да. При заказе первого набора наши специалисты проведут обучение работе с протоколом в вашей лаборатории. Кроме того, вы всегда можете обратиться к нам с любыми вопросами по работе набора.
Как обрабатывать результаты?
Для обработки данных можно использовать стандартное программное обеспечение предназначенное для MiSeq, а для интерпретации результатов можно использовать ПО Соло-репорт (РУ 2019/8907). Свяжитесь с нами, чтобы получить помощь в биоинформатическом анализе.

Узнайте детали и стоимость

Узнайте детали и стоимость

121069, Москва, Малая Никитская ул., 31

© 2021 ООО «Онкодиагностика Атлас». Все права защищены.

При грантовой поддержке фонда Cколково

121069, Москва,
Малая Никитская ул., 31

© 2021 ООО «Онкодиагностика Атлас». Все права защищены.

При грантовой поддержке фонда Cколково

Подбор терапии

1. Подбор терапии

Управление рисками

2. Управление рисками

Уточнение диагноза

3. Уточнение диагноза
BRAF
43%
Активирующие мутации BRAF обнаруживаются у 40-60% больных меланомой кожи. Наличие активирующих вариантов BRAF при меланоме ассоциировано с потенциальной эффективностью ингибиторов BRAF (дабрафениб, вемурафениб) в монотерапии или в комбинации с ингибиторами MEK (кобиметиниб, траметиниб).
NRAS
30%
Активирующие варианты NRAS встречаются у 30% больных меланомой. Их наличие ассоциировано с потенциальной эффективностью ингибитора MEK - биниметиниба, согласно рекомендациям NCCN.
KIT
6%
Мутации в гене KIT при меланоме обнаруживаются у 7% больных. Наличие активирующих мутаций в гене KIT является биомаркером потенциальной эффективности иматиниба, а также сунитиниба и нилотиниба согласно рекомендациям NCCN и ESMO.
KRAS
45%
Активирующие мутации KRAS встречаются у 40% больных колоректальным раком. Их наличие ассоциировано с устойчивостью к анти-EGFR терапии (цетуксимаб, панитумумаб).
NRAS
5%
При колоректальном раке варианты в гене NRAS встречаются в 6% случаях. Наличие активирующих вариантов NRAS при КРР ассоциировано с потенциальной устойчивостью к анти-EGFR терапии (цетуксимаб, панитумумаб).
BRAF
5%
Активирующие мутации в гене BRAF встречаются у 11% больных колоректальным раком. При наличии активирующих вариантов BRAF (в частности, V600) пациентам может быть рекомендована терапия ингибиторами BRAF (дабрафениб, вемурафениб) в комбинации с ингибиторами MEK (траметиниб, кобиметиниб) и анти-EGFR моноклональными антителами (цетуксимаб, панитумумаб). Могут назначаться режимы химиотерапии: добавление к FOLFIRI, FOLFOX или FOLFOXIRI цетуксимаба, или панитумумаба, либо бевацизумаба.
Наличие высокоуровневых амплификаций (более 5х) при колоректальном раке ассоциировано с потенциальной эффективностью анти-HER2 терапии, согласно рекомендациям NCCN.
4%
ERBB2
KRAS
20%
Активирующие мутации KRAS встречаются у 44% больных немелкоклеточным раком легкого. Согласно рекомендациям NCCN, ESMO, их наличие ассоциировано с потенциальной устойчивостью к ингибиторам тирозинкиназы.
EGFR
10%
Клинически значимые мутации в гене EGFR обнаруживаются у 10-20% больных немелкоклеточным раком легкого. Активирующие варианты EGFR ассоциированы с потенциальной эффективностью афатиниба, осимертиниба, эрлотиниба, рамуцирумаба и гефи- тиниба или, напротив, с устойчивостью к некоторым ингибиторам ТК (афатиниб, эрлотиниб, гефитиниб). Дакомитиниб - ингибитор тирозинкиназы EGFR второго поколения, согласно рекомендациям NCCN, EMA, ESMO.
PIK3CA
8%
Активирующие мутации в гене PIK3CA обнаруживаются у 8% больных немелкоклеточным раком легкого. Согласно ESMO, их наличие ассоциировано с потенциальной неэффективностью ингибиторов тирозинкиназы EGFR.
ERBB2
6%
Активирующие мутации в гене ERBB2 выявляются у 8% больных НМРЛ. Их наличие ассоциировано с потенциальной эффективностью анти-ERBB2 терапии.
BRAF
2%
У 6% больных НМРЛ обнаруживаются варианты в гене BRAF. Наличие активирующих вариантов BRAF ассоциировано с потенциальной эффективностью ингибиторов BRAF (дабрафениб) в комбинации с ингибиторами MEK (траметиниб).
KIT
65%
Нарушения в гене KIT при ГИСО встречаются у 65% больных. Наличие активирующих мутаций в гене KIT является биомаркером потенциальной эффективности или неэффективности иматиниба, а также других ингибиторов тирозинкиназ - сунитиниба, регорафениба и рипретиниба, согласно рекомендациям NCCN.
PDGFRA
11%
Мутации в гене PDGFRA встречаются в 11% больных гастроинтестинальными стромальными опухолями. Наличие активирующих вариантов (в зависимости от обнаруженного варианта) PDGFRA ассоциировано либо с потенциальной эффективностью иматиниба и дазатиниба или потенциальной неэффективностью иматиниба. А также с потенциальной эффективностью регорафениба, рипретиниба, сунитиниба, согласно рекомендациям NCCN.