набор реагентов для одновременного выявления генетических вариантов методом высокопроизводительного секвенирования (NGS) в целевых регионах генов
Соло-тест АВС
Совместим с Illumina
Наиболее частые мутации в гене CHEK2 1100delC, IVS2DS, G-A +1
3
Все кодирующие экзоны и сайты сплайсинга гена ATM
2
Все экзоны и сайты сплайсинга генов BRCA1 и BRCA2
1
Таргетная панель покрывает гены BRCA1, BRCA2, ATM и горячие точки гена CHEK2
Минимальное покрытие для одного образца при анализе наследственных мутаций. В одном запуске можно объединить до 96 образцов
150х
Минимальное покрытие для одного образца при анализе соматических мутаций. В одном запуске можно объединить до 48 образцов
300x
Набор предназначен для совместного использования с Генетическим секвенатором MiSeq (Illumina, Inc) с набором реагентов MiSeq Reagent kit v2 300 cycles.
Параметры секвенирования
Секвенирование готовой библиотеки
Очистка продуктов амплификации, пулирование библиотек
Вторичная амплификация с Олигонуклеотидными индексами
Лигирование ЛС адаптеров
удаление праймеров, подготовка к лигированию
Обработка Активатором
Первичная амплификация с двумя пулами праймеров
ДНК
Принцип действия метода
Рекомендованное количество ДНК
30 нг
Картирование на целевые участки ДНК
>80%
Равномерность покрытия
>98%
Специфичность
>99%
Чувствительность
>95%
Диагностические характеристики
Комплекты для секвенирования
Комплекты для секвенирования включают в себя:
- Комплект для подготовки образца к секвенированию,
- Комплект для секвенирования (MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycles), Illumina, Inc.)
Сет индексов
Количество тест-единиц
Вариант исполнения
Сет индексов
Количество тест-единиц
Вариант исполнения
Сет индексов
Количество тест-единиц
Вариант исполнения
«Б»
48
Соло-тест ABC 48С-б
«А»
48
Соло-тест ABC 48С-а
«Б»
48
Соло-тест ABC 48-б
«А»
48
Соло-тест ABC 48-а
Комплекты для секвенирования
Комплекты для секвенирования включают в себя:
- Комплект для подготовки образца к секвенированию,
- Комплект для секвенирования (MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycles), Illumina, Inc.)
Сет индексов
Количество тест-единиц
Вариант исполнения
Информация для заказа
MiSeq, MiSeq Dx — зарегистрированный товарный знак Illumina, Inc. Для проведения исследований может быть использовано необходимое оборудование, отличное от изображённого, в соответствии с регуляторными требованиями и требованиями Руководства пользователя к данному медицинскому изделию.
ПЦР-бокс
Центрифуга мини-вортекс
Дозаторы пипеточные
Флуориметр для измерения
концентрации ДНК
Термоциклер
Генетический секвенатор MiSeq
Необходимое оборудование
FAQ
Минимальное количество ДНК, необходимое для работы с набором — 12 нг (6 мкл ДНК с концентрацией 2 нг/мкл). Оптимальное количество ДНК для получения библиотек с помощью набора Соло-тест АВС — 30 нг (6 мкл ДНК с концентрацией не менее 5 нг/мкл).
В набор включены все реагенты для приготовления библиотек из выделенной ДНК. Дополнительно потребуется только общелабораторные расходники, такие как пластик, вода деионизованная бидистиллированная и этиловый спирт. В лаборатории должны быть: ПЦР-бокс, дозаторы пипеточные, термоциклер, магнитный штатив, вортекс, центрифуга, флуориметр с совместимыми наборами. Для проведения секвенирования необходим секвенатор MiSeq.
Набор можно использовать для анализа ДНК, выделенной из цельной крови, свежих биопсий или парафиновых блоков (FFPE).
- Кровь собрана в пробирки с ЭДТА
- Свежая или замороженная ткань должна храниться до выделения ДНК не более 2 часов
- Фиксированные образцы ткани должны обрабатываться нейтральным забуференным формалином. Не допускать избыточной фиксации — это может вызвать деградацию ДНК и появление артефактов последовательности!
- Для анализа соматических мутаций важно, чтобы содержание опухолевых клеток было не менее 20%.
Для анализа соматических мутаций рекомендовано анализировать не более 48 библиотек с ожидаемым покрытием не менее 300х
Для анализа наследственных вариантов — не более 96 образцов с ожидаемым покрытием не менее 150х
Для анализа наследственных вариантов — не более 96 образцов с ожидаемым покрытием не менее 150х
Да. При заказе первого набора наши специалисты проведут обучение по работе с протоколом пробоподготовки в вашей лаборатории. Кроме того, вы всегда можете обратиться к нам с любыми вопросами по работе набора solo-test@oncoatlas.ru.
Для обработки данных можно использовать стандартное программное обеспечение (LRM), а для интерпретации результатов можно использовать ПО Соло-репорт (РУ 2019/8907). Свяжитесь с нами, чтобы получить помощь в биоинформатическом анализе.
Можно. Если комбинации индексов не дублируются.
Получить консультацию
Заполните поля и мы свяжемся с вами
Отправляя форму, вы соглашаетесь с Политикой конфиденциальности
Материалы для пользователей
Рак молочной железы
Статус мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 для HER2- опухолей важен для назначения PARP-ингибиторов. Статус мутации PIK3CA для HER2- HR+ опухолей важен для назначения алпелисиба. Пациентам с наследственным анамнезом при отрицательном результате ПЦР должен быть выполнен NGS-тест.
Рак яичников
Статус мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 важен для Pt+ схем терапии и назначения PARP-ингибиторов.
Рак предстательной железы
Статус мутаций в генах BRCA1, BRCA2 и других HRR (ATM, CHEK2, PALB2) важен для назначения PARP-ингибиторов.
Рак поджелудочной железы
Статус мутаций в генах BRCA1, BRCA2 и PALB2 важен для Pt+ схем терапии и назначения PARP-ингибиторов. Метод NGS является методом выбора из-за низкой частоты встречаемости мутаций.
Цельная кровь
Для цельной крови необходимо соблюдать следующие требования: взятие крови проводится в пластиковые пробирки объёмом 2,5 мл с добавленной в качестве антикоагулянта динатриевой соли этилендиаминтетраацетата (ЭДТА) в конечной концентрации 2 мг/мл. Для перемешивания содержимого пробирку переворачивают 2−3 раза. В качестве антикоагулянта допускается также использование цитрата натрия. Не допускается использование гепарина в качестве антикоагулянта.
Биопсийный (операционный) материал свежесобранный
Для свежего биопсийного и операционного материала следует соблюдать следующие требования: время до анализа не должно превышать двух часов с момента взятия материала. Для длительного хранения следует применять формалиновую фиксацию материала с последующим заключением образцов в формалин (FFPE-блоки).
Опухолевая ткань, фиксированная в формалине и заключённая в парафиновые блоки (FFPE)
Для парафиновых блоков (FFPE) необходимо соблюдать следующие требования: предварительно провести их морфологический анализ. Образцы считаются пригодными для анализа если ткань опухоли занимает не менее 80% площади препарата. В случае невыполнения данного условия рекомендуется подготовить гистологический препарат биоматериала и по результатам гистологического исследования провести разметку препарата с обратной стороны предметного стекла, отметив границы зоны опухоли.
В дальнейшем для выделения ДНК необходимо использовать отмеченную область препарата, содержащую опухолевую ткань. Для проведения исследования рекомендуется использовать фрагмент парафинового блока, соответствующий следующим параметрам:
В дальнейшем для выделения ДНК необходимо использовать отмеченную область препарата, содержащую опухолевую ткань. Для проведения исследования рекомендуется использовать фрагмент парафинового блока, соответствующий следующим параметрам:
- толщина каждого среза от 5 до 6 мкм;
- суммарная площадь фрагментов фиксированной ткани и комплексов клеток человека от 2 см².