Соло-тест АВС - ОнкоАтлас

Поиск

Для заказа тестирования в Москве: +7 499 302 26 07 Получить консультацию

Материалы для пользователей Узнать детали

Соло-тест АВС
Первый зарегистрированный
в России NGS-тест для онкологии

РУ №РЗН 2020/9943

Набор реагентов для выявления наследственных и соматических мутаций в ДНК, ассоциированных с риском развития рака МЖ и рака яичников, методом высокопроизводительного секвенирования на приборе MiSeq

Таргетная панель покрывает гены BRCA1, BRCA2, ATM и горячие точки гена CHEK2

Все экзоны и сайты сплайсинга генов BRCA1 и BRCA2

Все кодирующие экзоны и сайты сплайсинга гена ATM

Наиболее частые мутации в гене CHEK2 1100delC, Ile157Thr, IVS2DS, G-A +1

Набор включает
все реагенты для приготовления таргетных библиотек для секвенирования

Как работает тест

Таргетное обогащение на основе мультиплексной ПЦР
Очистка и пулирование готовых библиотек
Введение олигонуклеотидных индексов
Лигирование ЛС адаптеров
Таргетное обогащение на основе мультиплексной ПЦР
Секвенирование на MiSeq

Преимущества Соло-тест ABC
Удобно пользоваться

Простой протокол позволяет приготовить до 96 библиотек за один день

Набор индексов позволяет в одном запуске анализировать до 96 образцов при использовании вариантов исполнения Соло-тест АВС-а и Соло-тест АВС-б

Медицинское ПО для интерпретации результатов. Клиентская поддержка продукта: проводим обучение, а также оказываем техническую и биоинформатическую поддержку

Преимущества теста
Максимальная
информативность

4 гена в одной панели — ключевые биомаркеры для PARP-ингибиторов и наследственного синдрома рака молочной железы

Требует минимальное количество стартового материала — от 10 нг ДНК

400+ пар праймеров в двух пулах оптимизированы для работы с деградированной ДНК из парафиновых блоков

Технические и
диагностические
характеристики

Параметры секвенирования
MiSeq Reagent kit v2 300 cycles

При анализе соматических мутаций в одном запуске
можно объединить до 48 образцов. При этом минимальное покрытие для одного образца — 300х

При анализе наследственных мутаций в одном запуске
можно объединить до 96 образцов. При этом минимальное покрытие для одного образца — 150х

Чувствительность: > 95%

Специфичность: > 99%

Равномерность покрытия: > 80%

Картирование на целевые участки ДНК: > 95%

Рекомендованное количество ДНК: 30 нг

Допустимый тип биоматериала: Цельная кровь, парафиновые блоки

Набор валидирован
нашими партнерами

МГНЦ
РНЦРР
МГОБ № 62

С помощью набора выполнено более 3000 исследований. Мы являемся поставщиками решений для молекулярно-генетических исследований в разные регионы России, в том числе для Департамента здравоохранения г. Москвы

Клиническое
значение

Мутации в генах ATM, BRCA1, BRCA2, CHEK2 — основная причина развития синдрома наследственного рака молочной железы и яичников Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome. Этот синдром чаще всего проявляется развитием злокачественных опухолей одной или сразу нескольких локализаций

Рак предстательной железы

Рак молочной железы

Рак яичников

BRCA1

BRCA2

CHEK2

ATM

25%

10%

1%

34%

PMID: 30171229

PMID: 28724667

PMID: 30733081

BRCA1

BRCA2

CHEK2

ATM

20%

38%

4%

8%

BRCA1

BRCA2

CHEK2

ATM

41%

21%

3%

10%

BRCA2

BRCA1

25%

1%

CHEK2

ATM

34%

BRCA1

20%

BRCA2

38%

CHEK2

4%

ATM

8%

BRCA1

41%

BRCA2

21%

CHEK2

3%

ATM

3%

NGS является оптимальным способом выявления соматических мутаций, так как позволяет выявлять мутации с низкой долей мутантного аллеля (от 2%) во всей целевой области

Соматические мутации имеют важное значение для определения чувствительности к препаратам платины и PARP-ингибиторам* В частности, у больных раком яичников, чувствительных к олапарибу, не менее 20% мутаций BRCA приходится на соматические**

Клинические руководства NCCN, RUSSCO и АОР рекомендуют секвенирование генов BRCA при раке молочной железы, яичников, простаты и поджелудочной железы

*George A, Banerjee S, Kaye S. Olaparib and somatic BRCA mutations. Oncotarget. 2017

** Alexandra Tyulyandina, et al. Comprehensive analysis of germline and somatic BRCA1/2 mutations in ovarian cancer population: Interim results of OVATAR prospective study. Journal of Clinical Oncology. 2017 35:15_suppl

Набор Соло-тест АВС рассчитан на проведение анализа 48 образцов

Состав набора

Комплект для приготовления библиотек ДНК

Комплект для целевого обогащения ДНК

4 варианта
наборов

Соло-тест
АВС:

48-a
48-б
48С-a
48С-б

Набор Соло-тест АВС 48-С помимо компонентов для приготовления библиотек включает все компоненты для секвенирования.

Наборы Соло-тест АВС 48-а и Соло-тест АВС 48-б отличаются комбинациями индексов. В одном запуске секвенирования на MiSeq при сочетании наборов с разными индексами 48а и 48б может быть объединено до 96 уникальных образцов, включая контроли.

FAQ

Какое минимальное количество ДНК необходимо для получения библиотек?

Минимальное количество ДНК, необходимое для работы с набором, — 18 нг (6 мкл ДНК с концентрацией 2 нг/мкл). Оптимальное количество ДНК для получения библиотек с помощью набора Соло-тест АВС — 30 нг (6 мкл ДНК с концентрацией не менее 5 нг/мкл).

Какое дополнительное оборудование и расходники потребуются?

В набор включены все реагенты для приготовления библиотек из выделенной ДНК. Дополнительно потребуется только общелабораторные расходники, такие как дистиллированная вода и этиловый спирт. В лаборатории должны быть ПЦР-бокс, термоциклер, магнитный штатив, вортекс, центрифуга, анализатор Qubit и расходники для него. Для проведения секвенирования необходим секвенатор MiSeq.

Как оценить пригодность образца для анализа?

Набор можно использовать для анализа ДНК из цельной крови, свежих биопсий или парафиновых блоков (FFPE).

Кровь собрана в пробирки с ЭДТА
Свежая или замороженная ткань хранится до выделения ДНК не более 2 часов
Фиксированные образцы ткани обрабатывались нейтральным забуференным формалином. Не допускать избыточной фиксации — это может вызвать деградацию ДНК и появление артефактов последовательности!
Для анализа соматических мутаций важно чтобы содержание опухолевых клеток было не менее 30%.

Какое рекомендовано покрытие для секвенирования и сколько образцов можно уместить в один запуск MiSeq?

Для анализа соматических мутаций рекомендовано анализировать не более 48 библиотек ожидаемое покрытие >600x
Для анализа наследственных вариантов - не более 96 образцов с ожидаемым покрытием >300x

Проводите ли вы обучение работе с набором?

Да. При заказе первого набора наши специалисты проведут обучение работе с протоколом в вашей лаборатории. Кроме того, вы всегда можете обратиться к нам с любыми вопросами по работе набора.

Как обрабатывать результаты?

Для обработки данных можно использовать стандартное программное обеспечение предназначенное для MiSeq, а для интерпретации результатов можно использовать ПО Соло-репорт (РУ 2019/8907). Свяжитесь с нами, чтобы получить помощь в биоинформатическом анализе.

Сертификаты
и лицензии

Регистрационное удостоверение

№РЗН2020/9943

Международный стандарт качества на производство медицинских изделий

ISO 13485